在 Bash 中循环浏览文件内容

如何使用Bash遍历文本文件的每一行?

使用此脚本:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上得到以下输出:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(后来我想用$p来做一些比只输出到屏幕更复杂的事情。)


环境变量SHELL是(来自 env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version输出:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version输出:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

肽文件. txt 文件包含:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

答案

一种方法是:

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中指出的那样,这样做的副作用是修剪前导空白,解释反斜杠序列以及如果最后一行缺少换行符则跳过最后一行。如果有这些问题,可以执行以下操作:

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

如果循环体可以从标准输入中读取异常,则可以使用其他文件描述符打开文件:

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

在这里,10 只是一个任意数字(不同于 0、1、2)。

cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

和单线变体:

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

如果没有尾随换行,这些选项将跳过文件的最后一行。

您可以通过以下方法避免这种情况:

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done

选项 1a: While 循环:一次一行:输入重定向

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo $p
done < $filename

选项 1b: While 循环:一次一行:
打开文件,从文件描述符(在本例中为文件描述符#4)读取。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<$filename
echo Start
while read -u4 p ; do
    echo $p
done

这并不比其他答案更好,但是是在没有空格的文件中完成工作的另一种方法(请参见注释)。我发现我经常需要一线来挖掘文本文件中的列表,而无需使用单独的脚本文件的额外步骤。

for word in $(cat peptides.txt); do echo $word; done

这种格式使我可以将所有内容放在一个命令行中。将 “echo $ word” 部分更改为所需的内容,然后可以发出多个由分号分隔的命令。下面的示例将文件的内容用作您可能编写的其他两个脚本的参数。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done

或者,如果您打算像流编辑器(学习 sed)那样使用它,则可以将输出转储到另一个文件,如下所示。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done > outfile.txt

我使用了上面写的这些内容,因为我使用的是文本文件,每行只有一个单词。 (请参阅注释)如果您有不想分割单词 / 行的空格,它会变得有些难看,但是相同的命令仍然可以按如下方式工作:

OLDIFS=$IFS; IFS=$'\n'; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done > outfile.txt; IFS=$OLDIFS

这只是告诉 shell 仅在换行符上进行拆分,而不是在空格上进行拆分,然后将环境返回到以前的状态。此时,您可能需要考虑将其全部放入 shell 脚本中,而不是将其全部压缩到一行中。

祝你好运!

其他答案未涵盖的其他内容:

从定界文件读取

# ':' is the delimiter here, and there are three fields on each line in the file
# IFS set below is restricted to the context of `read`, it doesn't affect any other code
while IFS=: read -r field1 field2 field3; do
  # process the fields
  # if the line has less than three fields, the missing fields will be set to an empty string
  # if the line has more than three fields, `field3` will get all the values, including the third field plus the delimiter(s)
done < input.txt

使用进程替换从另一个命令的输出中读取

while read -r line; do
  # process the line
done < <(command ...)

这种方法比command ... | while read -r line; do ...更好command ... | while read -r line; do ...是因为command ... | while read -r line; do ... while 循环在当前 shell 中而不是在子 shell 中运行,就像后者一样。请参阅相关文章。在 while 循环内修改的变量不记得了

从空分隔的输入中读取,例如find ... -print0

while read -r -d '' line; do
  # logic
  # use a second 'read ... <<< "$line"' if we need to tokenize the line
done < <(find /path/to/dir -print0)

相关阅读: BashFAQ / 020 - 如何查找和安全处理包含换行符,空格或两者的文件名?

一次读取多个文件

while read -u 3 -r line1 && read -u 4 -r line2; do
  # process the lines
  # note that the loop will end when we reach EOF on either of the files, because of the `&&`
done 3< input1.txt 4< input2.txt

根据@ chepner 的答案在这里

-u是 bash 扩展名。为了实现 POSIX 兼容性,每个调用看起来都类似于read -r X <&3

将整个文件读入数组(Bash 版本低于 4)

while read -r line; do
    my_array+=("$line")
done < my_file

如果文件以不完整的行结尾(末尾缺少换行符),则:

while read -r line || [[ $line ]]; do
    my_array+=("$line")
done < my_file

将整个文件读入数组(Bash 4x 和更高版本)

readarray -t my_array < my_file

要么

mapfile -t my_array < my_file

接着

for line in "${my_array[@]}"; do
  # process the lines
done

相关文章:

使用 while 循环,如下所示:

while IFS= read -r line; do
   echo "$line"
done <file

笔记:

  1. 如果未正确设置IFS ,则会丢失缩进。

  2. 您几乎应该始终将 - r 选项与 read 一起使用。

  3. 不要读与行for

假设您有以下文件:

$ cat /tmp/test.txt
Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR

有四个元素会改变许多 Bash 解决方案读取的文件输出的含义:

  1. 空白行 4;
  2. 两条线上的前导或尾随空格;
  3. 保持各行的含义(即每行都是一条记录);
  4. 线路 6 未以 CR 终止。

如果要文本文件一行一行地包括空白行和不带 CR 的终止行,则必须使用 while 循环,并且必须对最后一行进行替代测试。

以下是可能更改文件的方法(与cat返回的内容相比):

1)丢失最后一行以及前导和尾随空格:

$ while read -r p; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'

(如果while IFS= read -rp; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt ,则保留前导和尾随空格,但如果它不会以 CR 终止)

2)使用cat进程替换将一口气读取整个文件,并且失去了各行的含义:

$ for p in "$(cat /tmp/test.txt)"; do printf "%s\n" "'$p'"; done
'Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR'

(如果从$(cat /tmp/test.txt)删除"$(cat /tmp/test.txt)逐字而不是一口地读取文件。也可能不是您想要的……)


逐行读取文件并保留所有间距的最可靠,最简单的方法是:

$ while IFS= read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'    Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    '
'Line 6 has no ending CR'

如果要去除前导和交易空间,请删除IFS=部分:

$ while read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'
'Line 6 has no ending CR'

(在 POSIX 下,没有结尾\n文本文件虽然很常见,但被认为是损坏的。如果可以指望尾随\n话,则while循环中不需要|| [[ -n $line ]] 。)

有关BASH 常见问题的更多信息

如果您不希望换行符打乱您的阅读,请使用 -

#!/bin/bash
while IFS='' read -r line || [[ -n "$line" ]]; do
    echo "$line"
done < "$1"

然后以文件名作为参数运行脚本。

#!/bin/bash
#
# Change the file name from "test" to desired input file 
# (The comments in bash are prefixed with #'s)
for x in $(cat test.txt)
do
    echo $x
done

这是我真实的示例,该示例如何循环另一个程序输出的行,检查子字符串,从变量中删除双引号,在循环外使用该变量。我想很多人迟早会问这些问题。

##Parse FPS from first video stream, drop quotes from fps variable
## streams.stream.0.codec_type="video"
## streams.stream.0.r_frame_rate="24000/1001"
## streams.stream.0.avg_frame_rate="24000/1001"
FPS=unknown
while read -r line; do
  if [[ $FPS == "unknown" ]] && [[ $line == *".codec_type=\"video\""* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=parse
  fi
  if [[ $FPS == "parse" ]] && [[ $line == *".r_frame_rate="* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=${line##*=}
    FPS="${FPS%\"}"
    FPS="${FPS#\"}"
  fi
done <<< "$(ffprobe -v quiet -print_format flat -show_format -show_streams -i "$input")"
if [ "$FPS" == "unknown" ] || [ "$FPS" == "parse" ]; then 
  echo ParseFPS Unknown frame rate
fi
echo Found $FPS

在循环外声明变量,设置值并在循环外使用它需要完成 <<<“$(...)”语法。应用程序需要在当前控制台的上下文中运行。命令周围的引号使输出流换行。

子字符串的循环匹配然后读取name = value对,拆分 last =字符的右侧部分,删除第一个引号,删除最后一个引号,我们有一个干净的值可用于其他地方。